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Helixyte Green ssDNA 试剂 货号17620-AAT Bioquest荧光染料

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上海金畔生物科技有限公司代理AAT Bioquest荧光染料全线产品，欢迎访问AAT Bioquest荧光染料官网了解更多信息。

Helixyte Green ssDNA 试剂

Helixyte Green ssDNA 试剂

货号 17620 存储条件 在零下15度以下保存, 避免光照
规格 1000 Tests 价格 2388
Ex (nm) 498 Em (nm) 519
分子量 溶剂 DMSO
产品详细介绍

简要概述

合成寡核苷酸用于多种分子生物学技术，例如 DNA 测序、定点诱变、DNA 扩增和原位杂交。测量寡核苷酸和 ssDNA 浓度的最常用技术是测定 260 nm (A260) 处的吸光度。然而，吸光度法受到核酸制剂中常见的各种污染物的极大干扰，包括核苷酸、双链核酸和蛋白质。 Helixyte Green ssDNA 定量试剂是定量 ssDNA 和寡核苷酸的绝佳替代品，它的灵敏度和选择性大大提高。 Helixyte Green ssDNA 试剂是一种带正电荷的荧光探针，它与 ssDNA 的疏水基团结合，通过疏水力、氢键和静电相互作用的协同作用形成高度发光的复合物。 Helixyte Green ssDNA 试剂具有极低的固有荧光，与 ssDNA 结合后固有荧光明显增强。它使研究人员能够使用标准分光光度计和荧光素激发和发射波长对低至 100 pg/mL 的寡核苷酸或 ssDNA (~500 pg/mL) 进行定量。这种灵敏度比吸光度法高出几个数量级。可使用荧光酶标仪检测低至 1 ng/mL 的寡核苷酸或 ssDNA。 Helixyte Green ssDNA 试剂具有从 100 pg/mL 到 1 μg/mL 的较大线性检测范围。

 

适用仪器

荧光酶标仪  
激发： 490nm
发射： 525nm
Cutoff： 515nm
孔板： 黑色孔板

产品说明书

实验方案

概述

1.添加 100 µL 核酸标准品或测试样品
2.添加 100 µL Helixyte Green ALL溶液
3.在室温下孵育 5-10 分钟
4.检测Ex/Em=490/525 nm 处的荧光强度

注：以下方案是使用 Helixyte Green ssDNA 定量 ssDNA 的示例。打开前让所有成分升至室温。没有关于 Helixyte Green ssDNA 染色剂的致突变性或毒性的数据。由于该试剂与核酸结合，因此应将其视为潜在的诱变剂并小心处理。应特别小心处理 DMSO 原液，因为已知 DMSO 可促进有机分子进入组织。

 

溶液制备
ssDNA 标准溶液
将 10 uL 100 ug/mL ssDNA 标准溶液（未提供）添加到您选择的 190 uL 缓冲液中以获得 5 ug/mL 标准溶液，然后进行 1:3 稀释以获得连续稀释的 ssDNA 标准 (SS2-SS7) .请使用AAT Bioquest连续稀释计算器以方便数据处理。

 

Helixyte Green ssDNA 工作溶液
将 100 μL Helixyte Green ssDNA 试剂加入您选择的 10 mL 缓冲液中，制备 Helixyte™ Green ssDNA 工作溶液。 通过用箔纸覆盖或将其置于黑暗中来保护工作溶液免受光照。
注意：建议在塑料容器而不是玻璃容器中制备工作溶液，因为染料可能会吸附到玻璃表面。 为获得最佳效果，该溶液应在稀释后几小时内使用。
注意：10 mL 的工作溶液对于一个 96 孔板就足够了。
注意：10 mM Tris-HCl (pH 8.0) 和 0.1 mM EDTA 可用于制备工作溶液和标准品。

 

操作步骤

表 1. ssDNA 标准品和测试样品在纯黑色 96 孔板中的布局。 SS= ssDNA 标准品（SS1 – SS7，1667 至 2.3 ng/mL）； BL=空白控制； TS=测试样品

BL BL TS TS
SS1 SS1 … …
SS2 SS2 … …
SS3 SS3    
SS4 SS4    
SS5 SS5    
SS6 SS6    
SS7 SS7    

 

表2.各孔试剂组成

孔 体积 试剂
SS1-SS7 100ul 连续稀释（1667 至 2.3 ng/mL）
BL 100ul 缓冲液
TS 100ul 样品


1.根据表 1和表 2 中提供的布局准备 ssDNA 标准 (NS)、空白对照 (BL) 和测试样品 (TS)。对于 384 孔板，每孔使用 25 μL 试剂，而不是 100 μL。
2.将 100 µL Helixyte Green ssDNA 工作溶液加入 ssDNA 标准品、空白对照和测试样品的每个孔中，使测定体积为 200 µL/孔。 对于 384 孔板，将 25 µL 的 Helixyte Green ssDNA 工作溶液添加到每个孔中，以获得 50 µL/孔的总体积。
3.在室温下避光孵育反应 5 到 10 分钟。
4.使用 Ex/Em = 490/525 nm（Cutoff在 515 nm）处的荧光酶标仪检测荧光增加。

 

图示

Helixyte Green ssDNA 试剂 货号17620

图 1. 使用 Helixyte Green ssDNA 试剂在 96 孔黑色实心板中测量 ssDNA 剂量反应。

 

参考文献

A Synergistic Coreactant for Single-Cell Electrochemiluminescence Imaging: Guanine-Rich ssDNA-Loaded High-Index Faceted Gold Nanoflowers.
Authors: Chen, Ying and Gou, Xiaodan and Ma, Cheng and Jiang, Dechen and Zhu, Jun-Jie
Journal: Analytical chemistry (2021): 7682-7689

A Tryptophan ‘Gate’ in the CRISPR-Cas3 Nuclease Controls ssDNA Entry into the Nuclease Site, That When Removed Results in Nuclease Hyperactivity.
Authors: He, Liu and Matošević, Zoe Jelić and Mitić, Damjan and Markulin, Dora and Killelea, Tom and Matković, Marija and Bertoša, Branimir and Ivančić-Baće, Ivana and Bolt, Edward L
Journal: International journal of molecular sciences (2021)

A comparative study of protein-ssDNA interactions.
Authors: Lin, Maoxuan and Malik, Fareeha K and Guo, Jun-Tao
Journal: NAR genomics and bioinformatics (2021): lqab006

An Optimized Preparation Method for Long ssDNA Donors to Facilitate Quick Knock-In Mouse Generation.
Authors: Inoue, Yukiko U and Morimoto, Yuki and Yamada, Mayumi and Kaneko, Ryosuke and Shimaoka, Kazumi and Oki, Shinji and Hotta, Mayuko and Asami, Junko and Koike, Eriko and Hori, Kei and Hoshino, Mikio and Imayoshi, Itaru and Inoue, Takayoshi
Journal: Cells (2021)

Assessment of AMBER Force Fields for Simulations of ssDNA.
Authors: Oweida, Thomas J and Kim, Ho Shin and Donald, Johnny M and Singh, Abhishek and Yingling, Yaroslava G
Journal: Journal of chemical theory and computation (2021): 1208-1217

Biotechnological production of ssDNA with DNA-hydrolyzing deoxyribozymes.
Authors: Liu, Jin and Gu, Hongzhou
Journal: STAR protocols (2021): 100531

Detection of nucleotides in hydrated ssDNA via 2D h-BN nanopore with ionic-liquid/salt-water interface.
Authors: Lee, Jung Soo and Oviedo, Juan Pablo and Bandara, Yapa Mudiyanselage Nuwan Dhananjaya Yapa and Peng, Xin and Xia, Longsheng and Wang, Qingxiao and Garcia, Kevin and Wang, Jinguo and Kim, Min Jun and Kim, Moon Jae
Journal: Electrophoresis (2021): 991-1002

Dual-Channel Logic Gates Operating on the Chemopalette ssDNA-Ag NCs/GO Nanocomposites.
Authors: Feng, Da-Qian and Liu, Guoliang
Journal: Analytical chemistry (2021)

Efficient influence of ssDNA virus PCV2 replication by CRISPR/Cas9 targeting of the viral genome.
Authors: Shi, Jianli and Zheng, Shuxuan and Wu, Xiaoyan and Peng, Zhe and Li, Chen and Wang, Shuo and Xin, Changxun and Xu, Shaojian and Li, Jun
Journal: Molecular immunology (2021): 63-66

Generation of Fluorescent Versions of Saccharomyces cerevisiae RPA to Study the Conformational Dynamics of Its ssDNA-Binding Domains.
Authors: Kuppa, Sahiti and Pokhrel, Nilisha and Corless, Elliot and Origanti, Sofia and Antony, Edwin
Journal: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) (2021): 151-168

说明书
Helixyte Green ssDNA 试剂.pdf

Amplite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对微孔板酶标仪进行了优化* 货号17623-AAT Bioquest荧光染料

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上海金畔生物科技有限公司代理AAT Bioquest荧光染料全线产品，欢迎访问AAT Bioquest荧光染料官网了解更多信息。

Amplite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对微孔板酶标仪进行了优化*

Amplite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对微孔板酶标仪进行了优化*

货号 17623 存储条件 Multiple
规格 200 Tests 价格 2388
Ex (nm) 498 Em (nm) 519
分子量 溶剂
产品详细介绍

简要概述

Amplite 荧光 ssDNA 定量试剂盒以简单准确的方式来检测单链 DNA。该试剂盒包含所有基本试剂，包括 Helixyte Green ssDNA 试剂、稀释缓冲液和预稀释的 DNA 标准品。 Helixyte Green ssDNA 试剂是一种灵敏的荧光核酸探针，用于定量溶液中的寡核苷酸和单链 DNA (ssDNA)。它使科研人员能够量化低至 100 pg/mL 的寡核苷酸或 ssDNA。这种灵敏度超过吸光度方法的 10,000 倍以上。使用该试剂盒，可检测低至 1 ng/mL 的寡核苷酸或 ssDNA。使用该试剂盒对一些 ssDNA 进行了定量，包括具有相似灵敏度的 M13 和 φX174 病毒 DNA 以及变性小牛胸腺 DNA。它们的检测限不受核酸制剂中常见污染物的明显干扰，包括盐类、尿素、乙醇、氯仿、去污剂、蛋白质、ATP、核苷酸和六碱基短寡核苷酸等。然而，双链 DNA (dsDNA) 和 RNA 确实会干扰检测，因为 Helixyte Green ssDNA 试剂会与 dsDNA 和 RNA 结合以产生荧光信号。 Amplite 荧光 ssDNA 定量试剂盒经过优化，可使用荧光酶标仪定量 dsDNA。

 

适用仪器

荧光酶标仪  
激发： 490nm
发射： 525nm
Cutoff： 515nm

产品说明书

实验方案

概述

1.添加 100 µL ssDNA 标准品或测试样品
2.添加 100 µL Helixyte Green ssDNA 工作溶液
3.在室温下孵育 5-10 分钟
4.检测 Ex/Em=490/525 nm 处的荧光强度

注：以下方案是使用 Helixyte Green ssDNA 定量总核酸含量的示例。 打开前让所有成分升温至室温。 目前没有发现关于 Helixyte Green ssDNA 染色剂的致突变性或毒性的数据。 由于该试剂与核酸结合，因此应将其视为潜在的诱变剂并小心处理。 应特别小心处理 DMSO 原液，因为已知 DMSO 可促进有机分子进入组织。

 

溶液制备

ssDNA 标准溶液
将 10 uL 100 ug/mL ssDNA 标准溶液（组分 C）添加到 190 uL 检测缓冲液（组分 B）中以获得 5 ug/mL 标准溶液，然后进行 1:3 稀释以获得连续稀释的 ssDNA 标准溶液（SS2- SS7）。请使用AAT Bioquest连续稀释计算器以方便数据处理。

 

Helixyte Green ssDNA 工作溶液

将 100 μL Helixyte Green ssDNA（组分 A）加入 10 mL 检测缓冲液（组分 B）中，制备 Helixyte Green ssDNA 工作溶液。 通过用箔纸覆盖或将其置于黑暗中来保护工作溶液免受光照。
注意：建议在塑料容器而不是玻璃容器中制备工作溶液，因为染料可能会吸附到玻璃表面。为获得最佳效果，该溶液应在稀释后几小时内使用。
注意：10 mL 的工作溶液对于一个 96 孔板就足够了。

 

操作步骤

表 1. 纯黑色 96 孔板中 ssDNA 标准品和测试样品的布局。 SS= ssDNA 标准品（SS1 – SS7，1667 至 2.3 ng/mL）； BL=空白控制； TS=测试样品

 

BL BL TS TS
SS1 SS1 … …
SS2 SS2 … …
SS3 SS3    
SS4 SS4    
SS5 SS5    
SS6 SS6    
SS7 SS7    

 

表2.各孔试剂组成

孔 体积 试剂
SS1-SS7 100ul 连续稀释（1667 至 2.3 ng/mL）
BL 100ul 缓冲液
TS 100ul 样品

 

1.根据表 1和表 2 中提供的布局准备 ssDNA 标准 (NS)、空白对照 (BL) 和测试样品 (TS)。对于 384 孔板，每孔使用 25 μL 试剂，而不是 100 μL。
2.将 100 µL Helixyte Green ssDNA 工作溶液加入 ssDNA 标准品、空白对照和测试样品的每个孔中，使测定体积为 200 µL/孔。 对于 384 孔板，将 25 µL 的 Helixyte Green ssDNA 工作溶液添加到每个孔中，以获得 50 µL/孔的总体积。
3.在室温下孵育反应 5 到 10 分钟，避光。
4.使用 Ex/Em = 490/525 nm（Cutoff在 515 nm 处）的荧光酶标仪检测荧光增加。

 

图示

Amplite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对微孔板酶标仪进行了优化* 货号17623

图 1. ssDNA 剂量反应是在 96 孔黑色孔板中使用 Amplite Fluorimetric ssDNA 定量试剂盒测量的。

 

参考文献

An OliGreen-responsive fluorescence sensor for sensitive detection of organophosphorus pesticide based on its specific selectivity towards T-Hg2+-T DNA structure.
Authors: Zhou, Xiaoyuan and Wang, Chenchen and Wu, Lina and Wei, Wei and Liu, Songqin
Journal: Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy (2021): 119155

A novel detection of radon based on its decay product inducing conformational changes of an aptamer probe.
Authors: Long, Minzhi and Deng, Han and Tian, Gang and Song, Chunli and Liu, Hongwen and Shen, Yi and Lv, Changyin
Journal: Analytica chimica acta (2016): 202-7

Studies of DNA Aptamer OliGreen and PicoGreen Fluorescence Interactions in Buffer and Serum.
Authors: Bruno, John G and Sivils, Jeffrey C
Journal: Journal of fluorescence (2016): 1479-87

Accumulation of single-stranded DNA in Escherichia coli carrying the colicin plasmid pColE3-CA38.
Authors: Morales, Magali and Attai, Hedieh and Troy, Kimberly and Bermudes, David
Journal: Plasmid (2015): 7-16

Probing the inherent stability of siRNA immobilized on nanoparticle constructs.
Authors: Barnaby, Stacey N and Lee, Andrew and Mirkin, Chad A
Journal: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (2014): 9739-44

Cost-effective and scalable DNA extraction method from dried blood spots.
Authors: Saavedra-Matiz, Carlos A and Isabelle, Jason T and Biski, Chad K and Duva, Salvatore J and Sweeney, Melissa L and Parker, April L and Young, Allison J and Diantonio, Lisa L and Krein, Lea M and Nichols, Matthew J and Caggana, Michele
Journal: Clinical chemistry (2013): 1045-51

Sensitive fluorescence assay of anthrax protective antigen with two new DNA aptamers and their binding properties.
Authors: Oh, Byul Nim and Lee, Sungeun and Park, Hye-Yeon and Baeg, Jin-Ook and Yoon, Moon-Young and Kim, Jinheung
Journal: The Analyst (2011): 3384-8

Analysis of DNA complexes with small solutes by CE with LIF detection.
Authors: Lee, Kun-Hong and Huang, Ming-Feng and Liu, Chi-Wei and Chang, Huan-Tsung
Journal: Electrophoresis (2010): 1101-7

Enrichment and fluorescence enhancement of adenosine using aptamer-gold nanoparticles, PDGF aptamer, and Oligreen.
Authors: Chen, Shih-Ju and Huang, Chih-Ching and Chang, Huan-Tsung
Journal: Talanta (2010): 493-8

Fluorescently imaged particle counting immunoassay for sensitive detection of DNA modifications.
Authors: Wang, Zhixin and Wang, Xiaoli and Liu, Shengquan and Yin, Junfa and Wang, Hailin
Journal: Analytical chemistry (2010): 9901-8

说明书
Amplite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对微孔板酶标仪进行了优化*.pdf

Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对 Cytocite 和 Qubit 荧光计进行了优化* 货号17625-AAT Bioquest荧光染料

发表于由

上海金畔生物科技有限公司代理AAT Bioquest荧光染料全线产品，欢迎访问AAT Bioquest荧光染料官网了解更多信息。

Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对 Cytocite 和 Qubit 荧光计进行了优化*

Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对 Cytocite 和 Qubit 荧光计进行了优化*

货号 17625 存储条件 Multiple
规格 200 Tests 价格 3612
Ex (nm) 498 Em (nm) 519
分子量 溶剂
产品详细介绍

简要概述

Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒用于快速检测单链 DNA。该试剂盒包含所有基本试剂，包括 Helixyte Green ssDNA 试剂、稀释缓冲液和预稀释的 DNA 标准品。 Helixyte Green ssDNA 试剂是一种灵敏的荧光核酸探针，用于定量溶液中的寡核苷酸和单链 DNA (ssDNA)。只需使用提供的缓冲液稀释试剂，添加样品（可接受 1–20 μL 的任何体积），然后使用 CytoCite、Qubit® 或其他手持或台式荧光计（Qubit® 是 ThermoFisher 的商标）读取浓度。该检测对于 50 pg/µL 至 200 ng/µL 的初始样品浓度是准确的，提供了 1–200 ng 的测定范围。该试剂检测长寡核苷酸或 ssDNA。核苷酸和六个碱基或更少的短寡核苷酸不会干扰定量分析。检测限不受核酸制剂中常见污染物的明显干扰，包括盐类、尿素、乙醇、氯仿、去污剂、蛋白质、核苷酸和六碱基短寡核苷酸。然而，双链 DNA (dsDNA) 和 RNA 确实会干扰检测，因为 Helixyte Green ssDNA 试剂会与 dsDNA 和 RNA 结合以产生额外的荧光信号。 Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒针对 CytoCite 和 Qubit® 荧光计进行了优化。

 

适用仪器

荧光定量仪  
激发： 480nm
发射： 530nm
材料： 0.2 毫升 PCR 小瓶
CytoCite 荧光计  
激发： 480nm
发射： 530nm
材料： 0.2 毫升 PCR 小瓶

产品说明书

实验方案

概述

1.准备 Helixyte Green ssDNA 工作溶液
2.在每个 0.2 mL PCR 管中加入 190 µL 1X Helixyte Green ssDNA 工作溶液
3.在每个管中加入 10 µL ssDNA 标准品或测试样品
4.在室温下孵育2分钟
5.使用 CytoCite 荧光计或 Qubit 荧光计检测荧光强度

 

溶液制备

Helixyte Green ssDNA 工作溶液
使用检测缓冲液（组分 B）将 Helixyte Green ssDNA 试剂（组分 A）稀释 200 倍。 例如，要为 5 个样品制备足够的工作溶液，将 5 μL Helixyte Green ssDNA（组分 A）添加到 1 mL 检测缓冲液（组分 B）中。
注意：通过用箔纸覆盖或将其置于黑暗中来保护工作溶液免受光照。建议在塑料容器而不是玻璃容器中制备溶液，因为染料可能会吸附到玻璃表面。 为获得最佳效果，该溶液应在稀释后几小时内使用。

 

操作步骤 

样品体积的可接受范围是 1~20 μL，这具体取决于核酸样品的估计浓度。
以下实验方案基于 10 µL 样品体积生成，DNA 浓度范围为 20~1000 ng /mL。
1.将 190 µL 1X Helixyte Green ssDNA 工作溶液添加到每个 Cytocite 样品管 (#CCT100) 或等效的 0.2 mL PCR 管中。
注意：使用薄壁、聚丙烯、透明的 0.2 mL PCR 管，例如 AAT Cat#CCT100。
2.在每管中加入 10 µL ssDNA 标准品或测试样品，然后涡旋混合 2~3 秒。
3.在室温下孵育所有管子 2 分钟。
4.将样品插入 CytoCite 或 Qubit 并使用绿色荧光通道检测荧光。

 

标准校准曲线的制作
1.执行 1:2 连续稀释：将 10 ng/μL ssDNA Standard #2（组分 D）添加到检测缓冲液（组分 B）中，以获得 10、5、2.5、1.25、0.62、0.31、0.15 ng/μL DNA 标准稀释度。
2.在每个管中加入 190 µL Helixyte Green ssDNA 工作溶液。
3.将 10 µL 标准品加入 0.2 mL PCR 管中，然后涡旋混合 2~3 秒。
4.在室温下孵育反应 2 分钟。
5.将样品插入 CytoCite 并使用绿色荧光通道检测荧光强度。

 

图示

Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对 Cytocite 和 Qubit 荧光计进行了优化* 货号17625

图 1. 使用 Qubit 荧光计（蓝色）或 CytoCite 荧光计（红色）比较 ssDNA 剂量反应。

 

参考文献

An OliGreen-responsive fluorescence sensor for sensitive detection of organophosphorus pesticide based on its specific selectivity towards T-Hg2+-T DNA structure.
Authors: Zhou, Xiaoyuan and Wang, Chenchen and Wu, Lina and Wei, Wei and Liu, Songqin
Journal: Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy (2021): 119155

A novel detection of radon based on its decay product inducing conformational changes of an aptamer probe.
Authors: Long, Minzhi and Deng, Han and Tian, Gang and Song, Chunli and Liu, Hongwen and Shen, Yi and Lv, Changyin
Journal: Analytica chimica acta (2016): 202-7

Studies of DNA Aptamer OliGreen and PicoGreen Fluorescence Interactions in Buffer and Serum.
Authors: Bruno, John G and Sivils, Jeffrey C
Journal: Journal of fluorescence (2016): 1479-87

Accumulation of single-stranded DNA in Escherichia coli carrying the colicin plasmid pColE3-CA38.
Authors: Morales, Magali and Attai, Hedieh and Troy, Kimberly and Bermudes, David
Journal: Plasmid (2015): 7-16

Probing the inherent stability of siRNA immobilized on nanoparticle constructs.
Authors: Barnaby, Stacey N and Lee, Andrew and Mirkin, Chad A
Journal: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (2014): 9739-44

Cost-effective and scalable DNA extraction method from dried blood spots.
Authors: Saavedra-Matiz, Carlos A and Isabelle, Jason T and Biski, Chad K and Duva, Salvatore J and Sweeney, Melissa L and Parker, April L and Young, Allison J and Diantonio, Lisa L and Krein, Lea M and Nichols, Matthew J and Caggana, Michele
Journal: Clinical chemistry (2013): 1045-51

Sensitive fluorescence assay of anthrax protective antigen with two new DNA aptamers and their binding properties.
Authors: Oh, Byul Nim and Lee, Sungeun and Park, Hye-Yeon and Baeg, Jin-Ook and Yoon, Moon-Young and Kim, Jinheung
Journal: The Analyst (2011): 3384-8

Analysis of DNA complexes with small solutes by CE with LIF detection.
Authors: Lee, Kun-Hong and Huang, Ming-Feng and Liu, Chi-Wei and Chang, Huan-Tsung
Journal: Electrophoresis (2010): 1101-7

Enrichment and fluorescence enhancement of adenosine using aptamer-gold nanoparticles, PDGF aptamer, and Oligreen.
Authors: Chen, Shih-Ju and Huang, Chih-Ching and Chang, Huan-Tsung
Journal: Talanta (2010): 493-8

Fluorescently imaged particle counting immunoassay for sensitive detection of DNA modifications.
Authors: Wang, Zhixin and Wang, Xiaoli and Liu, Shengquan and Yin, Junfa and Wang, Hailin
Journal: Analytical chemistry (2010): 9901-8

说明书
Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对 Cytocite 和 Qubit 荧光计进行了优化*.pdf

Helixyte Green ssDNA 试剂 货号17621-AAT Bioquest荧光染料

发表于由

上海金畔生物科技有限公司代理AAT Bioquest荧光染料全线产品，欢迎访问AAT Bioquest荧光染料官网了解更多信息。

Helixyte Green ssDNA 试剂

Helixyte Green ssDNA 试剂

货号 17621 存储条件 在零下15度以下保存, 避免光照
规格 10000 Tests 价格 11628
Ex (nm) 498 Em (nm) 519
分子量 溶剂 DMSO
产品详细介绍

简要概述

合成寡核苷酸用于多种分子生物学技术，例如 DNA 测序、定点诱变、DNA 扩增和原位杂交。测量寡核苷酸和 ssDNA 浓度的最常用技术是测定 260 nm (A260) 处的吸光度。然而，吸光度法受到核酸制剂中常见的各种污染物的极大干扰，包括核苷酸、双链核酸和蛋白质。 Helixyte Green ssDNA 定量试剂是定量 ssDNA 和寡核苷酸的绝佳替代品，它的灵敏度和选择性大大提高。 Helixyte Green ssDNA 试剂是一种带正电荷的荧光探针，它与 ssDNA 的疏水基团结合，通过疏水力、氢键和静电相互作用的协同作用形成高度发光的复合物。 Helixyte Green ssDNA 试剂具有极低的固有荧光，与 ssDNA 结合后固有荧光明显增强。它使研究人员能够使用标准分光光度计和荧光素激发和发射波长对低至 100 pg/mL 的寡核苷酸或 ssDNA (~500 pg/mL) 进行定量。这种灵敏度比吸光度法高出几个数量级。可使用荧光酶标仪检测低至 1 ng/mL 的寡核苷酸或 ssDNA。 Helixyte Green ssDNA 试剂具有从 100 pg/mL 到 1 μg/mL 的较大线性检测范围。

 

适用仪器

荧光酶标仪  
激发： 490nm
发射： 525nm
Cutoff： 515nm
孔板： 黑色孔板

产品说明书

实验方案

概述

1.添加 100 µL 核酸标准品或测试样品
2.添加 100 µL Helixyte Green ALL溶液
3.在室温下孵育 5-10 分钟
4.检测Ex/Em=490/525 nm 处的荧光强度

注：以下方案是使用 Helixyte Green ssDNA 定量 ssDNA 的示例。打开前让所有成分升至室温。没有关于 Helixyte Green ssDNA 染色剂的致突变性或毒性的数据。由于该试剂与核酸结合，因此应将其视为潜在的诱变剂并小心处理。应特别小心处理 DMSO 原液，因为已知 DMSO 可促进有机分子进入组织。

 

溶液制备
ssDNA 标准溶液
将 10 uL 100 ug/mL ssDNA 标准溶液（未提供）添加到您选择的 190 uL 缓冲液中以获得 5 ug/mL 标准溶液，然后进行 1:3 稀释以获得连续稀释的 ssDNA 标准 (SS2-SS7) .请使用AAT Bioquest连续稀释计算器以方便数据处理。

 

Helixyte Green ssDNA 工作溶液
将 100 μL Helixyte Green ssDNA 试剂加入您选择的 10 mL 缓冲液中，制备 Helixyte™ Green ssDNA 工作溶液。 通过用箔纸覆盖或将其置于黑暗中来保护工作溶液免受光照。
注意：建议在塑料容器而不是玻璃容器中制备工作溶液，因为染料可能会吸附到玻璃表面。 为获得最佳效果，该溶液应在稀释后几小时内使用。
注意：10 mL 的工作溶液对于一个 96 孔板就足够了。
注意：10 mM Tris-HCl (pH 8.0) 和 0.1 mM EDTA 可用于制备工作溶液和标准品。

 

操作步骤

表 1. ssDNA 标准品和测试样品在纯黑色 96 孔板中的布局。 SS= ssDNA 标准品（SS1 – SS7，1667 至 2.3 ng/mL）； BL=空白控制； TS=测试样品

BL BL TS TS
SS1 SS1 … …
SS2 SS2 … …
SS3 SS3    
SS4 SS4    
SS5 SS5    
SS6 SS6    
SS7 SS7    

 

表2.各孔试剂组成

孔 体积 试剂
SS1-SS7 100ul 连续稀释（1667 至 2.3 ng/mL）
BL 100ul 缓冲液
TS 100ul 样品


1.根据表 1和表 2 中提供的布局准备 ssDNA 标准 (NS)、空白对照 (BL) 和测试样品 (TS)。对于 384 孔板，每孔使用 25 μL 试剂，而不是 100 μL。
2.将 100 µL Helixyte Green ssDNA 工作溶液加入 ssDNA 标准品、空白对照和测试样品的每个孔中，使测定体积为 200 µL/孔。 对于 384 孔板，将 25 µL 的 Helixyte Green ssDNA 工作溶液添加到每个孔中，以获得 50 µL/孔的总体积。
3.在室温下避光孵育反应 5 到 10 分钟。
4.使用 Ex/Em = 490/525 nm（Cutoff在 515 nm）处的荧光酶标仪检测荧光增加。

 

图示

Helixyte Green ssDNA 试剂 货号17621

图 1. 使用 Helixyte Green ssDNA 试剂在 96 孔黑色实心板中测量 ssDNA 剂量反应。

 

参考文献

A Synergistic Coreactant for Single-Cell Electrochemiluminescence Imaging: Guanine-Rich ssDNA-Loaded High-Index Faceted Gold Nanoflowers.
Authors: Chen, Ying and Gou, Xiaodan and Ma, Cheng and Jiang, Dechen and Zhu, Jun-Jie
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A Tryptophan ‘Gate’ in the CRISPR-Cas3 Nuclease Controls ssDNA Entry into the Nuclease Site, That When Removed Results in Nuclease Hyperactivity.
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A comparative study of protein-ssDNA interactions.
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Journal: NAR genomics and bioinformatics (2021): lqab006

An Optimized Preparation Method for Long ssDNA Donors to Facilitate Quick Knock-In Mouse Generation.
Authors: Inoue, Yukiko U and Morimoto, Yuki and Yamada, Mayumi and Kaneko, Ryosuke and Shimaoka, Kazumi and Oki, Shinji and Hotta, Mayuko and Asami, Junko and Koike, Eriko and Hori, Kei and Hoshino, Mikio and Imayoshi, Itaru and Inoue, Takayoshi
Journal: Cells (2021)

Assessment of AMBER Force Fields for Simulations of ssDNA.
Authors: Oweida, Thomas J and Kim, Ho Shin and Donald, Johnny M and Singh, Abhishek and Yingling, Yaroslava G
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Biotechnological production of ssDNA with DNA-hydrolyzing deoxyribozymes.
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Detection of nucleotides in hydrated ssDNA via 2D h-BN nanopore with ionic-liquid/salt-water interface.
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Dual-Channel Logic Gates Operating on the Chemopalette ssDNA-Ag NCs/GO Nanocomposites.
Authors: Feng, Da-Qian and Liu, Guoliang
Journal: Analytical chemistry (2021)

Efficient influence of ssDNA virus PCV2 replication by CRISPR/Cas9 targeting of the viral genome.
Authors: Shi, Jianli and Zheng, Shuxuan and Wu, Xiaoyan and Peng, Zhe and Li, Chen and Wang, Shuo and Xin, Changxun and Xu, Shaojian and Li, Jun
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Generation of Fluorescent Versions of Saccharomyces cerevisiae RPA to Study the Conformational Dynamics of Its ssDNA-Binding Domains.
Authors: Kuppa, Sahiti and Pokhrel, Nilisha and Corless, Elliot and Origanti, Sofia and Antony, Edwin
Journal: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) (2021): 151-168

说明书
Helixyte Green ssDNA 试剂.pdf

Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对 Cytocite 和 Qubit 荧光计进行了优化* 货号17625-AAT Bioquest荧光染料

发表于由

上海金畔生物科技有限公司代理AAT Bioquest荧光染料全线产品，欢迎访问AAT Bioquest荧光染料官网了解更多信息。

Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对 Cytocite 和 Qubit 荧光计进行了优化*

Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对 Cytocite 和 Qubit 荧光计进行了优化*

货号 17625 存储条件 Multiple
规格 200 Tests 价格 3612
Ex (nm) 498 Em (nm) 519
分子量 溶剂
产品详细介绍

简要概述

Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒用于快速检测单链 DNA。该试剂盒包含所有基本试剂，包括 Helixyte Green ssDNA 试剂、稀释缓冲液和预稀释的 DNA 标准品。 Helixyte Green ssDNA 试剂是一种灵敏的荧光核酸探针，用于定量溶液中的寡核苷酸和单链 DNA (ssDNA)。只需使用提供的缓冲液稀释试剂，添加样品（可接受 1–20 μL 的任何体积），然后使用 CytoCite、Qubit® 或其他手持或台式荧光计（Qubit® 是 ThermoFisher 的商标）读取浓度。该检测对于 50 pg/µL 至 200 ng/µL 的初始样品浓度是准确的，提供了 1–200 ng 的测定范围。该试剂检测长寡核苷酸或 ssDNA。核苷酸和六个碱基或更少的短寡核苷酸不会干扰定量分析。检测限不受核酸制剂中常见污染物的明显干扰，包括盐类、尿素、乙醇、氯仿、去污剂、蛋白质、核苷酸和六碱基短寡核苷酸。然而，双链 DNA (dsDNA) 和 RNA 确实会干扰检测，因为 Helixyte Green ssDNA 试剂会与 dsDNA 和 RNA 结合以产生额外的荧光信号。 Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒针对 CytoCite 和 Qubit® 荧光计进行了优化。

 

适用仪器

荧光定量仪  
激发： 480nm
发射： 530nm
材料： 0.2 毫升 PCR 小瓶
CytoCite 荧光计  
激发： 480nm
发射： 530nm
材料： 0.2 毫升 PCR 小瓶

产品说明书

实验方案

概述

1.准备 Helixyte Green ssDNA 工作溶液
2.在每个 0.2 mL PCR 管中加入 190 µL 1X Helixyte Green ssDNA 工作溶液
3.在每个管中加入 10 µL ssDNA 标准品或测试样品
4.在室温下孵育2分钟
5.使用 CytoCite 荧光计或 Qubit 荧光计检测荧光强度

 

溶液制备

Helixyte Green ssDNA 工作溶液
使用检测缓冲液（组分 B）将 Helixyte Green ssDNA 试剂（组分 A）稀释 200 倍。 例如，要为 5 个样品制备足够的工作溶液，将 5 μL Helixyte Green ssDNA（组分 A）添加到 1 mL 检测缓冲液（组分 B）中。
注意：通过用箔纸覆盖或将其置于黑暗中来保护工作溶液免受光照。建议在塑料容器而不是玻璃容器中制备溶液，因为染料可能会吸附到玻璃表面。 为获得最佳效果，该溶液应在稀释后几小时内使用。

 

操作步骤 

样品体积的可接受范围是 1~20 μL，这具体取决于核酸样品的估计浓度。
以下实验方案基于 10 µL 样品体积生成，DNA 浓度范围为 20~1000 ng /mL。
1.将 190 µL 1X Helixyte Green ssDNA 工作溶液添加到每个 Cytocite 样品管 (#CCT100) 或等效的 0.2 mL PCR 管中。
注意：使用薄壁、聚丙烯、透明的 0.2 mL PCR 管，例如 AAT Cat#CCT100。
2.在每管中加入 10 µL ssDNA 标准品或测试样品，然后涡旋混合 2~3 秒。
3.在室温下孵育所有管子 2 分钟。
4.将样品插入 CytoCite 或 Qubit 并使用绿色荧光通道检测荧光。

 

标准校准曲线的制作
1.执行 1:2 连续稀释：将 10 ng/μL ssDNA Standard #2（组分 D）添加到检测缓冲液（组分 B）中，以获得 10、5、2.5、1.25、0.62、0.31、0.15 ng/μL DNA 标准稀释度。
2.在每个管中加入 190 µL Helixyte Green ssDNA 工作溶液。
3.将 10 µL 标准品加入 0.2 mL PCR 管中，然后涡旋混合 2~3 秒。
4.在室温下孵育反应 2 分钟。
5.将样品插入 CytoCite 并使用绿色荧光通道检测荧光强度。

 

图示

Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对 Cytocite 和 Qubit 荧光计进行了优化* 货号17625

图 1. 使用 Qubit 荧光计（蓝色）或 CytoCite 荧光计（红色）比较 ssDNA 剂量反应。

 

参考文献

An OliGreen-responsive fluorescence sensor for sensitive detection of organophosphorus pesticide based on its specific selectivity towards T-Hg2+-T DNA structure.
Authors: Zhou, Xiaoyuan and Wang, Chenchen and Wu, Lina and Wei, Wei and Liu, Songqin
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Authors: Long, Minzhi and Deng, Han and Tian, Gang and Song, Chunli and Liu, Hongwen and Shen, Yi and Lv, Changyin
Journal: Analytica chimica acta (2016): 202-7

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Sensitive fluorescence assay of anthrax protective antigen with two new DNA aptamers and their binding properties.
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Enrichment and fluorescence enhancement of adenosine using aptamer-gold nanoparticles, PDGF aptamer, and Oligreen.
Authors: Chen, Shih-Ju and Huang, Chih-Ching and Chang, Huan-Tsung
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Fluorescently imaged particle counting immunoassay for sensitive detection of DNA modifications.
Authors: Wang, Zhixin and Wang, Xiaoli and Liu, Shengquan and Yin, Junfa and Wang, Hailin
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说明书
Portelite 荧光 ssDNA 定量试剂盒 *针对 Cytocite 和 Qubit 荧光计进行了优化*.pdf